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evolutionary biology

460 articles

RegEvol: detection of directional selection in regulatory sequences through phenotypic predictions and phenotype-to-fitness functions

Le papier présente RegEvol, un cadre innovant qui combine des prédictions d'apprentissage automatique sur la liaison des facteurs de transcription à des modèles évolutifs explicites pour détecter la sélection directionnelle dans les séquences régulatrices non codantes, permettant ainsi d'identifier des gènes sous adaptation dans des génomes comme ceux de la drosophile et de l'humain.

Laverre, A., Latrille, T., Robinson-Rechavi, M.2026-03-05📄 evolutionary biology

A general evolutionary model for the emergence of novel characters from serial homologs

Cet article propose un modèle évolutif général fondé sur les réseaux de régulation génique hiérarchiques pour expliquer comment la sélection et les contraintes développementales interagissent afin de faire émerger de nouveaux caractères à partir d'homologues sériels, en distinguant les mécanismes de divergence des états phénotypiques et de commutation des identités caractéristiques.

Jiang, D., Pennell, M., Sallan, L.2026-03-04📄 evolutionary biology

What uniparental genes tell us about the prehistoric human colonization of the Americas

En réanalysant les marqueurs génétiques uniparentaux, cette étude remet en cause le modèle de colonisation post-LGM par le nord pour proposer que les premiers peuplements des Amériques ont eu lieu il y a plus de 30 000 ans, avec des expansions démographiques majeures postérieures au LGM prenant leur source en Amérique du Sud avant de se disperser vers le nord.

Cabrera, V. M.2026-03-04📄 evolutionary biology

The perceptual and spatial architecture of Mullerian mimicry in Heliconius Butterflies

En combinant le phénotypage par apprentissage profond et des modèles de vision adaptés aux prédateurs et aux papillons, cette étude révèle que le mimétisme mullérien chez les *Heliconius* constitue un continuum dynamique et spatialement hétérogène, façonné par la perception sensorielle et l'asymétrie évolutive plutôt que par des anneaux discrets et parfaitement réciproques.

Lawrence, C. G., Ramirez, M., Berger-Wolf, T. + 2 more2026-03-04📄 evolutionary biology

Cytoplasmic male sterility and mitochondrial metabolism: evidence for low complex I contribution in male-sterile freshwater snail Physa acuta

Cette étude démontre que la stérilité mâle cytoplasmique chez l'escargot d'eau douce *Physa acuta* est associée à une altération du complexe I mitochondrial chez les individus stériles, tandis que les individus restaurés compensent ce défaut par une fuite de protons accrue et une contribution anaérobie plus élevée, révélant un coût énergétique de la stérilité et de la restauration.

Bererd, S., Roussel, D., Plenet, S. + 3 more2026-03-03📄 evolutionary biology

SplitAligner: A Gene-Species Tree Reconciliation Framework Using Split-Based Branch Mapping

Le papier présente SplitAligner, un cadre de réconciliation basé sur les splits qui permet d'aligner et d'évaluer systématiquement les branches d'arbres de gènes sur un arbre d'espèces fixe, en distinguant les absences dues à la couverture des taxons de celles induites par la discordance topologique pour faciliter les analyses phylogénomiques à l'échelle des branches.

Wu, J.2026-03-03📄 evolutionary biology

Inferring Gene Presence in Incomplete Data via Phylogenetic Occupancy Modeling

Cet article présente un nouveau modèle d'occupation phylogénétique qui intègre des modèles écologiques et évolutifs pour estimer la complétude des génomes et inférer la présence de gènes non détectés dans des données incomplètes, surpassant ainsi les méthodes existantes et étant disponible sous forme de package Python.

Mattick, J. S. A., DeMontigny, W. C., Delwiche, C. F.2026-03-03📄 evolutionary biology

Parasite defense covaries with reproductive timing, not with resistance

Cette étude sur le nématode *Caenorhabditis elegans* révèle que la défense contre les parasites, qui varie considérablement entre les souches sauvages, est fortement corrélée à la précocité de la reproduction et non à la résistance aux infections, suggérant que les traits d'histoire de vie évolueront rapidement sous la pression de sélection parasitaire.

Gibson, A. K., Peng, L., Batterton, T. + 5 more2026-03-03📄 evolutionary biology

Organization and evolution of sex-biased gene expression in Drosophila adult sexual circuits

En utilisant la transcriptomique à cellule unique sur les circuits sexuels adultes de Drosophila, cette étude révèle que l'expression génique biaisée par le sexe est limitée, cellulaire-spécifique et largement spécifique à l'espèce, suggérant que l'adaptation sexuelle repose sur des programmes génétiques sélectifs localisés qui préservent l'évolvabilité des circuits malgré un couplage transcriptomique généralisé entre les sexes.

Chen, D. S., Gifford, H., Kurmangaliyev, Y. Z. + 1 more2026-03-03📄 evolutionary biology

Direct and community-driven selection jointly drive body size evolution in harvested predator-prey systems

En utilisant un cadre de dynamique adaptative, cette étude démontre que l'évolution de la taille corporelle dans les systèmes proie-prédateur exploités est façonnée par l'interaction entre la sélection directe exercée par la pêche et les changements indirects de la structure communautaire, soulignant ainsi la nécessité d'intégrer ces rétroactions éco-évolutives dans la gestion des pêcheries.

Villain, T., Poggiale, J.-C., Duquenoy, B. + 1 more2026-03-03📄 evolutionary biology

Potential and limits of the evolutionary rescue of harvested food webs

Cette étude démontre que l'évolution peut renforcer la résilience des réseaux trophiques face à la pêche, mais que cette capacité de sauvetage évolutive dépend crucialement de la vitesse d'évolution et de la répartition de l'effort de pêche, car cibler les prédateurs risque d'entraîner un effondrement du réseau tandis que des stratégies plus équilibrées favorisent la persistance globale au prix d'un compromis entre la diversité verticale et totale.

Villain, T., Poggiale, J.-C., Peley, A. + 1 more2026-03-03📄 evolutionary biology

Eco-evolutionary dynamics of planktonic calcifying communities under ocean acidification

Cette étude modélise les dynamiques éco-évolutives des communautés de calcifiants planctoniques sous l'acidification des océans et démontre que la sélection de phénotypes à faible capacité de calcification, bien qu'elle puisse entraîner des basculements abrupts, modifie les transferts d'énergie et menace la stabilité de la pompe à carbone.

Villain, T., Loeuille, N.2026-03-03📄 evolutionary biology

The distribution of fitness effects of new mutations in regulatory regions of the D. melanogaster genome

En utilisant des simulations à temps direct sur le génome de *Drosophila melanogaster*, cette étude démontre que les mutations dans les régions régulatrices non codantes sont majoritairement modérément délétères et contribuent de façon prépondérante aux substitutions bénéfiques et à la sélection de fond, soulignant ainsi l'importance cruciale d'inclure ces régions dans l'analyse de la variation génomique.

Daigle, A., Marsh, J., Kay, A. + 1 more2026-03-03📄 evolutionary biology

Evolutionary Divergence of Structure-Function Coupling between Human and Macaque: Spatial Patterns and Transcriptomic Basis

Cette étude révèle que le couplage structure-fonction cérébral diverge entre l'homme et le macaque, avec une forte association dans les régions préfrontales humaines et sensorimotrices chez le macaque, et identifie des bases transcriptomiques spécifiques à l'espèce humaine impliquant l'adaptation synaptique et des cellules gliales, éclairant ainsi les mécanismes évolutifs sous-jacents aux capacités cognitives uniques.

Ma, J., Li, W., Ma, Y. + 6 more2026-03-03📄 evolutionary biology